上海儿童医学中心心血管内科是小儿先天性心脏病诊断与介入治疗的医、教、研中心，国家级小儿先天性心脏病诊断与介入治疗继续教学的培训基地，上海市教委重点学科及上海市卫生局领先学科。目前，己完成小儿先天性心脏病心导管术1万余例，其中介入性心导管术占1/4，死亡率、诊断符合率及介入治疗成功率达国际先进水平。自1986年以来，该学科己完成 万余例先天性心脏病患儿的经胸超声心动图检查，经食道超声心动图检查四百余例，三维超声心动图检查二百余例。此外，缓慢性心律失常的经静脉心内膜起搏器植入术及快速性心律失常的射频消融治疗己成为该科常规治疗手段。心电生理功能测试项目齐全，包括HOLTER、平板运动试验、食道调搏试验及直立倾斜试验等。
     上海儿童医学中心心血管内科长期以来一直从事先心病介入治疗的实验与临床研究、先心病超声诊断的方法学研究、食道及三维超声心动图的临床应用研究、肺高压的发病机制及临床肺动脉高压的无创与有创性评估研究等，其成果达国内先进水平，发表了大量相关论文。曾多次获得上海市、卫生部级科学技术进步一、二、三等奖和国家级科技进步二、三等奖。
     该学科现有床位28张，重症临护病床4张。拥有国际上最先进的心血管造影设备、MRI、高分辫率CT、超声心动图仪（包括食道及三维超声心动图仪）及心电生理记录仪等。现有教授4名、副教授6名，博士生导师3名，有良好的学科梯队结构。