目前，房颤导管消融治疗的靶点已经由肺静脉内或者肺静脉开口近端移至肺静脉正开口或者肺静脉开口外（即肺静脉前庭），因此严重肺静脉狭窄的发生率已经显著下降，随着经验的积累和影像技术的完善，其它严重并发症（例如心脏穿孔/压塞）的发生率亦较以前有所下降。

    作为一项对术者的操作水平和综合能力均要求较高的治疗技术，房颤导管消融治疗的并发症的危险相对于其它心动过速的射频消融治疗仍然要高，而且其中有些并发症一旦发生将及其凶险（例如左心房－食管瘘），特别是处于学习曲线中的术者。今天马坚